Esta parte da série se passa no mundo de Fa'diel, na ilha de Illusia, onde, no centro da ilha, fica a famosa Árvore de Mana. Vários anos atrás, na ilha de Illusia, um evento conhecido como o "grande desastre" ocorreu na base da Árvore de Mana e muitas vidas foram perdidas. Durante este evento, um menino e uma menina corajosos usaram a Espada de Mana para salvar o mundo do desastre. Agora, anos depois, um grupo de órfãos se propõe a investigar os detalhes do evento que levou tantos entes queridos para longe deles. O jogador deve viajar pelo resto dos cinco continentes de Fa'diel, Jadd, Topple, Wendell, Ishe e Lorimar para completar o jogo, viajando para os outros continentes montando Flammie de um lugar para outro usando o "Tambor Flammie".

Salve a Árvore de Mana - de si mesma! Pegue a espada, o mangual, o arco e o martelo e ataque o mal que corrompe o coração de Mana. Escolha entre mais de 180 joias mágicas para personalizar seus personagens com novas habilidades e habilidades para se preparar para batalhas em ritmo acelerado. Ligue para até três amigos para ajudar com sua aventura em um jogo local sem fio - obtenha ajuda em um instante ou apenas junte-se e explore!