"Enfrente as masmorras sozinho ou junte-se a amigos! Até quatro jogadores podem lutar juntos em níveis cheios de ação, cheios de tesouros e muito variados, tudo em uma missão épica para salvar os aldeões e derrubar o malvado Arch-Illager! Descubra novas armas e itens que o ajudarão a derrotar um enxame implacável de multidões novas e desagradáveis. Lute ou fuja através de desfiladeiros, pântanos e – é claro – minas! Qualquer aventureiro corajoso ou tolo o suficiente (ou um pouco de ambos! ) para explorar este mundo lindo e cheio de blocos precisará estar preparado. Tão rápido, prepare-se! "

Minecraft Dungeons é ambientado no mesmo mundo fictício de Minecraft, conhecido como "Mundo Superior", consistindo de objetos 3D brutos - principalmente cubos e fluidos, e comumente chamados de "blocos"- representando vários materiais e habitados por multidões pacíficas e hostis. Ao contrário de 'Minecraft', o jogo apresenta uma campanha linear, baseada em histórias e cenas. A cena de abertura conta a história de um doente chamado Archie, que foi expulso por seu povo. Enquanto procurava uma nova casa, ele foi forçado a deixar todas as aldeias que encontrou devido aos aldeões que não lhe permitiam viver com eles. Um dia, Archie tropeçou em um poderoso artefato conhecido como Orbe da Dominância, que lhe concedeu poderes mágicos, mas também o corrompeu. Agora conhecido como "Arch-Illager", ele buscou vingança contra todos aqueles que o prejudicaram e subjugou inúmeras aldeias com seu exército recém-adquirido, composto de criaturas como golens de pedra vermelha e outros Illagers. Os jogadores assumem o papel de heróis que embarcam em uma missão para derrotar o Arch-Illager enquanto libertam aldeias oprimidas, lutam contra monstros e completam várias missões. Em última análise, os jogadores enfrentam o Arqui-Illager em seu castelo e, uma vez derrotado, o orbe assume sua verdadeira forma como o chefe do Coração de Ender. Este é o chefe final do jogo. Depois de destruir o Coração de Ender, também conhecido como Orbe da Dominância, Archie é libertado de sua influência. Em vez de punir Archie por suas ações, os jogadores mostram bondade e perdão e rapidamente fazem amizade com ele. À medida que os jogadores e Archie partem, é mostrado que o Orbe está se reconstruindo. Ele é então encontrado por um Enderman que pega o orbe e vai para o Fim. A última cena da cena mostra um Endersente saindo do portal. No jogo, depois de derrotar Archie, os jogadores desbloqueiam novas dificuldades que tornam o jogo mais desafiador, mas fornecem melhores recompensas.