Depois de décadas à deriva e declarada "perdida com todas as mãos", a corajosa tripulação do Espírito de Fogo do CSNU é misteriosamente despertada acima de um antigo refúgio Forerunner conhecido como a Arca. Em Halo Wars 2, o Capitão Cutter e sua tripulação enfrentarão uma das ameaças mais formidáveis da humanidade: Os Banidos – uma facção Bruta feroz e poderosa liderada por um guerreiro astuto e letal conhecido como Atriox. Halo Wars 2 oferece estratégia em tempo real na velocidade do combate Halo. Prepare-se para liderar exércitos de espartanos e outras forças de combate de Halo, como Warthogs, Scorpions e novas unidades emocionantes em uma guerra brutal contra um novo inimigo aterrorizante no maior campo de batalha de Halo até agora.

Situado em 2559, décadas depois que a tripulação da nave de guerra humana Spirit of Fire desapareceu no espaço desconhecido, a nave e sua tripulação adormecida despertam na Arca, uma colossal instalação Forerunner capaz de construir os anéis de Halo que ameaçam a galáxia. Lá, eles encontram um novo inimigo implacável já entrincheirado: os Banidos, uma facção mercenária selvagem liderada pelo astuto senhor da guerra Bruto Atriox que surgiu das cinzas da Aliança desmoronada. Sob o comando do Capitão Cutter, as forças em menor número e desatualizadas do CSNU devem reunir seus soldados, espartanos e máquinas de guerra para tomar o controle da Arca dos Banidos e deter Atriox antes que ele tome seu terrível poder.