Você é o agente disfarçado David Jones, que faz parte da agência secreta IGI e é responsável por proteger o mundo do terrorismo internacional. IGI-2: Golpe Secreto começa onde a primeira parte terminou. Então, novamente, você tem que lutar por conta própria, se infiltrar em bases inimigas, passear por enormes níveis externos e internos, hackear computadores e encontrar a melhor estratégia para resolver a missão. Você poderia dizer: um atirador de tênis! Além disso, o jogo possui suporte multiplayer, onde você pode resolver missões em mapas mp especiais.

David Llewellyn Jones, um experiente agente secreto e ex-soldado britânico do SAS que agora trabalha para o sombrio Instituto de Inteligência Geotáxica, é enviado para as remotas Montanhas dos Cárpatos em uma missão de alto risco. Um conjunto de protótipos de chips EMP foi roubado de uma instalação americana de alta tecnologia por um implacável grupo mafioso russo, e Jones deve recuperá-los. Depois de um ousado salto de HALO e uma infiltração furtiva através de uma mina em uma estação meteorológica, ele recupera um dos chips, apenas para os pesquisadores do IGI descobrirem que é de fato uma versão avançada e aprimorada da tecnologia roubada. Percebendo que os chips podem ter um significado muito maior do que qualquer um suspeitava, os superiores de Jones o encarregam de rastrear o resto, enviando o agente solitário para trás das linhas inimigas para desvendar o mistério do que a tecnologia roubada realmente deve fazer.