Agora você pode escolher seus heróis favoritos dos mundos de Street Fighter e Marvel Super Heroes para se enfrentar em uma batalha pela supremacia. Mergulhe na ação para realizar movimentos ultrajantes e unir incríveis Combos de Correntes... então delicie-se com seus resultados devastadores! Marvel Super Heroes vs. Street Fighter combina dois universos incríveis para criar uma lenda inteiramente nova de proporções heroicas.

Apocalipse reaparece no jogo como um subchefe; depois de derrotá-lo, sua equipe enfrentará uma forma mecanizada e superpoderosa de Akuma chamada Cyber-Akuma (Mech-Gouki na versão japonesa). Embora a luta seja dois contra um, ele compensa por ter dominado a força e a velocidade. O personagem que pode vencer Cyber-Akuma terá seu final visto após a conclusão.