Shin Megami Tensei: Synchronicity Prologue é um jogo bônus lançado para promover Shin Megami Tensei: Deep Strange Journey (TAMBÉM CONHECIDO COMO Strange Journey Redux). Este jogo de ação 2D de exploração/plataforma apresenta Jack Frost, um personagem familiar para os fãs de Shin Megami Tensei e dos jogos da Atlus.

Ocorrendo pouco antes dos eventos de Shin Megami Tensei: Strange Journey, Jack Frost é sincronizado com a mente de um humano para atravessar e lutar contra hordas de demônios. Ele resgata o Jack o' Lantern não sincronizado depois que ele foi congelado por Black Frost, que dizimou todos os Jacks que anteriormente tentaram um ataque. Eles encontram uma pequena criatura que se chama J-kun. Os Jacks atravessam os diferentes setores dos Schwarzwelt para derrotar Black Frost, lutando contra Bifrons, Decarabia, Alice e Girimehkala no caminho. Depois de derrotar este último, os Jacks se encontram novamente com J-kun, que lhe diz que ele se lembrou de que costumava ser humano, até que ele iniciou um programa de sincronicidade enviado a ele, enviando sua mente para o corpo de um demônio no Schwarzwelt. Eles percebem que destruir Black Frost é a única maneira de enviar J-kun de volta. Depois de derrotar Black Frost, J-kun aparece, revelando que Black Frost é a parte que falta em sua mente, e pede aos Jacks que destruam Black Frost para libertá-lo, esperando retornar ao seu corpo humano. As Geadas fazem isso, liberando J-kun. Os créditos mostram uma lista de notícias mundiais, incluindo a morte/recuperação de um famoso programador (dependendo do final), uma misteriosa nevasca na Antártida e a formação do Projeto Conjunto Schwarzwelt.