Parasite Eve II is an action role-playing survival horror video game released exclusively for the PlayStation. The game was developed by Square and published in Japan in 1999 and in both North America and, unlike the previous game, in PAL regions in 2000. É a sequência de Parasite Eve e o segundo jogo da série de mesmo nome. Parasite Eve II se passa vários anos após os eventos do jogo original. A protagonista do primeiro jogo, Aya Brea, também aparece neste jogo como a personagem jogável. Ela se envolve com outro surto de criaturas mitocondriais. Gameplay diverges from the previous game: battles take place in real time and the area of action is less restrictive. The approach is more typical of traditional survival horror games, although some role-playing elements are retained.

Três anos após o incidente de Manhattan, em setembro de 2000, Aya Brea é uma agente do FBI que trabalha na Equipe de Investigação e Supressão de Mitocôndrias (MIST) e foi enviada em uma missão urgente em Los Angeles, Califórnia, após relatos de atividades do NMC.