F. E. A. R. 2: Project Origin é a sequência de F. E. A. R. e continua a mistura de terror e suspense sobrenatural da série. Muitas mecânicas do jogo de tiro em primeira pessoa original entraram no jogo, como o tempo de bala em câmera lenta e a IA inteligente. Novos elementos de jogabilidade também foram introduzidos, como cobertura móvel de agarrar e arrastar, mechas de combate e mira de ferro. Os ambientes agora são mais abertos e menos lineares do que os do primeiro jogo, e também são mais diversos.

Você é Michael Becket, um operador da Força Delta que foi enviado em uma missão para prender a presidente da Armacham, Genevieve Aristide, aproximadamente 30 minutos antes do final do primeiro jogo. A história leva em consideração apenas o jogo original e ignora todos os eventos dos pacotes de expansão Ponto de Extração e Mandato de Perseu.