Pinky e O Cérebro têm um novo plano para conquistar a supremacia mundial. Depois de uma reportagem de TV sobre uma nova estação meteorológica no espaço, Brain apresenta um plano para modificar a estação, a fim de controlar o clima e, assim, colocar os poderosos deste mundo de joelhos. Como de costume, o plano é colocado no papel e Brain logo percebe que é impossível executar esse plano em uma noite. Afinal, esse é... o Masterplan. Infelizmente, o plano é roubado durante a noite por dois ratos de laboratório. Ajude Pinky e O Cérebro a recuperar o plano, levando-os através de 20 níveis em 5 mundos diferentes, coletando as peças do plano que Roofus e Doofus, os dois ratos de laboratório, perdem no caminho. Siga-os pelo laboratório em um submarino, um jipe e até mesmo no espaço.