Shock Troopers é um jogo para 1 a 2 jogadores, onde os jogadores selecionam um dos oito personagens para jogar. Cada personagem tem seu próprio ataque. Os jogadores também têm que escolher uma das três rotas a seguir. O objetivo do jogo é ir até o final do nível e derrotar o chefe de fim de nível, que geralmente é um veículo enorme. Caixas espalhadas pelos níveis podem ser quebradas para revelar novas armas e power-ups. Há um modo de equipe onde os jogadores têm que selecionar três personagens. Os personagens podem ser ligados durante o jogo, o que é útil se um deles estiver gravemente ferido. Os jogadores podem usar os outros companheiros de equipe até que a vida possa ser encontrada.

O grupo terrorista Bloody Scorpions sequestrou o cientista George Diamond e sua neta Cecilia Diamond para ganhar a poderosa droga, Alpha-301, que converte pessoas normais em soldados sobre-humanos. Uma equipe especial composta por oito soldados de diferentes países deve lutar em suas fileiras para chegar ao seu líder e salvar a neta do cientista e o mundo.