Stonkers é controlado usando teclado ou joystick. No jogo, o jogador controla unidades de infantaria, artilharia, tanques e caminhões de suprimentos. As unidades de combate consomem suprimentos ao longo do tempo e o jogador deve usar as unidades de suprimentos para reabastecê-las. As unidades de abastecimento são descarregadas enquanto um navio atraca no porto do jogador. As informações sobre os eventos em andamento são exibidas em uma fita na parte inferior da tela.