O Super Robot Wars F Final (ou "Super Robot Taisen F Kanketsuhen") começa onde o Super Robot Wars F saiu, começando no estágio 35. F e F Final foram originalmente pensados como um jogo único, mas os atrasos na produção fizeram com que os produtores decidissem dividir o jogo em duas partes. Este jogo apresenta a primeira aparição do Mazinkaiser (criado contaminando o Mazinger Z com raios Getter). A mecânica de jogo é a mesma do Super Robot Wars 4 (e do Super Robot Wars F, é claro). É um jogo de estratégia por turnos, quando atacado, o jogador pode decidir contra-atacar, esquivar (metade da % de acerto) e defender (metade do dano eventualmente recebido).