Super Bust-A-Move 2 oferece ação no estilo arcade e resolução de quebra-cabeças de limpeza de tela em um ambiente imersivo cheio de personagens vívidos. Ele apresenta um modo de quebra-cabeça para um jogador que permite que você jogue em vários estágios e vários tipos de jogo, à medida que cada uma das histórias por trás de cada um dos personagens do jogo é explicada e as informações são gradualmente reveladas. Há também um modo de batalha que permite desafiar seus amigos ou o computador enquanto você compete em uma partida melhor de três. Você também pode criar seus próprios quebra-cabeças alucinantes, jogá-los e salvá-los em um cartão de memória para desafiar seus amigos. Há um recurso de dificuldade escalável que ajusta o jogo para jogadores de todos os níveis de habilidade.

Super Puzzle Bobble 2 incorpora praticamente os mesmos elementos dos jogos anteriores. A jogabilidade tem seu próprio modo de história, modo de quebra-cabeça sem fim, modo de batalha, modo de batalha competitiva para dois jogadores e, por último, um modo de edição, que permite aos jogadores criar suas próprias rodadas personalizadas.