Yu-Gi-Oh! Forbidden Memories é um videogame vagamente baseado na série de mangá e anime Yu-Gi-Oh!. O enredo assume um cenário duplo no Egito Antigo e na atual Cidade de Domino. Os jogadores jogam o Yu-Gi-Oh! Trading Card Game ao lado de personagens que aparecem na série.

O jogo começa no antigo Egito, com o príncipe Atem saindo do palácio para ver seus amigos, Jono e Teana, no local do duelo. Enquanto estão lá, eles testemunham uma cerimônia realizada pelos magos, que é mais escura do que as cerimônias que eles normalmente realizam. Após a cerimônia, Atem duela com um dos sacerdotes, chamado Seto, e o derrota. Quando Atem retorna ao palácio, ele é rapidamente enviado para a cama por Simon Muran, seu tutor e conselheiro. Enquanto Simon se afasta, ele é informado por um guarda que o sumo sacerdote Heishin invadiu o palácio, usando uma magia estranha. Muran procura por Heishin. Quando Muran o encontra, Heishin diz a Muran que ele encontrou o Poder das Trevas, então usa a Vara do Milênio para explodir Muran. Quando Heishin encontra Atem, ele ameaça matar o rei e a rainha egípcios se não entregar o Quebra-Cabeça do Milênio. Muran aparece atrás de Heishin e diz a Atem para quebrar o quebra-cabeça. Atem obedece, e Muran se fecha e Atem dentro do quebra-cabeça, para esperar que alguém o remonte. Cinco mil anos depois, Yugi Mutou remonta o quebra-cabeça. Ele fala com Atem no quebra-cabeça, e Atem dá a Yugi seis cartas em branco. Não tendo certeza para que servem, ele os carrega para um Torneio de Duelo. Depois que ele derrota um dos duelistas, uma das cartas é preenchida com um item do Milênio. Percebendo para que servem as cartas, Yugi completa o torneio e preenche todas as seis cartas com itens do Milênio. Isso permite que Atem retorne ao seu tempo. Uma vez em seu próprio tempo, Muran conta a Atem o que aconteceu desde que ele foi selado. Heishin e os magos assumiram o controle do reino com os itens do Milênio, e que a única maneira de libertar o reino é recuperar os itens dos magos que os guardam. Depois de passar isso adiante, Muran morre. Depois que ele alcança Jono e Teana, ele vai ao palácio destruído e o procura. Ele encontra Seto, que lhe dá um mapa com as localizações dos magos e os itens do Milênio, e pede que ele derrote os magos. Depois que Atem recupera todos os itens do Milênio, exceto um, Seto o leva a Heishin, que detém a Vara do Milênio. Atem derrota Heishin, mas descobre que Seto tem a Vara do Milênio, e apenas queria usar Atem para reunir os itens em um só lugar. Atem duela com Seto pelos itens e o derrota, mas após o duelo, Heishin pega os itens e os usa para invocar o DarkNite. Na esperança de usar o DarkNite para destruir seus inimigos, ele não tem o item para provar sua autoridade e, como resultado, o DarkNite transforma Heishin em uma carta. Heishin agora se transformou em uma carta de baralho, DarkNite agora zomba de Heishin antes de incinerar a carta. Depois que Atem mostra que tinha os Itens do Milênio, DarkNite o desafia para um duelo. Atem o derrota, e ele se transforma em Nitemare, que desafia Atem novamente. Atem o derrota novamente, e Nitemare relutantemente retorna de onde ele veio. Atem então é capaz de assumir o trono e liderar seu povo em paz.