In this Junior Adventure, Putt-Putt must travel through time to rescue his dog Pep and retrieve his lunchbox, calculator, and history report. This was the first Putt-Putt game to have multiple paths — the missing objects could be in one of four locations, meaning there could be different puzzles on different playthroughs.

Putt-Putt passa pelo laboratório do Sr. Pássaro de Fogo antes da escola para mostrar a ele seu relatório de história, lancheira e calculadora. Lá, ele se surpreende ao descobrir que o Sr. Pássaro de Fogo inventou uma máquina do tempo — e fica horrorizado quando um acidente suga seu material escolar e seu cachorro Pep para dentro da máquina, espalhando-os pelo tempo e espaço. Putt-Putt deve, portanto, usar a máquina do tempo e viajar para quatro períodos — a era dos dinossauros, a Idade Média, o Oeste Selvagem e o futuro distante — para recuperá-los.