Um RPG de ação 2D de inspiração retrô ambientado em um futuro distante. O CrossCode combina gráficos de estilo SNES de 16 bits com física suave, um sistema de combate em ritmo acelerado e mecânicas de quebra-cabeça envolventes, servidas com uma emocionante história de ficção científica.

Uma garota chamada Lea acorda a bordo de um navio de carga sem memória de seu passado. Um homem chamado Sergey Asimov diz a ela que a chave para recuperar suas memórias perdidas é jogar CrossWorlds, um enorme jogo multiplayer online. Quase assim que ela entra, Lea é atacada por uma figura misteriosa conhecida como o Avatar Azul e é forçada a fugir para o mundo do jogo. Lá, ela faz amizade com uma colega chamada Emilie e, juntos, os dois partiram para explorar os Mundos Cruzados, eventualmente se juntando a uma guilda chamada Primeiros Eruditos. Enquanto Lea se aventura pelo vasto reino virtual e reúne fragmentos de quem ela já foi, ela é atraída pelos segredos inquietantes escondidos por trás do jogo e de sua própria identidade esquecida.