Battlefield: Bad Company 2 traz a premiada jogabilidade de Battlefield para a vanguarda dos jogos de PC com o melhor combate veicular da categoria e inesperados "momentos de Battlefield". Novos veículos como o ATV e um helicóptero de transporte permitem novas táticas multijogador no campo de batalha. Com o sistema Destruição 2. 0 habilitado para Queimadura de Gelo, você pode derrubar edifícios inteiros e criar seus próprios pontos de fogo abrindo buracos através da cobertura. Você também pode competir em equipes de quatro jogadores em dois modos de jogo exclusivos para esquadrões, lutando juntos para desbloquear prêmios e conquistas exclusivos. As batalhas são definidas em mapas expansivos, cada um com um foco tático diferente. O jogo também vê o retorno do esquadrão da Companhia B em uma campanha single-player mais madura.

Em outubro de 1944, um grupo de comandos dos EUA se infiltra em uma ilha no Mar do Japão para extrair um cientista japonês com informações decisivas de guerra. Eles garantem com sucesso o cientista japonês desertor que estava trabalhando em uma arma secreta de codinome "A Arma Negra" (uma arma escalar), e tentam escapar da ilha em um submarino roubado. Mas depois de repetidas advertências do cientista, os comandos testemunham os efeitos do poder da Arma Negra e subsequentemente perecem, provocando um mito sobre o que realmente aconteceu na Operação Aurora. Nos dias atuais, a Bad Company está em uma operação de contra-inteligência atrás das linhas inimigas na Rússia, na tentativa de garantir um indivíduo de alto valor das forças armadas dos EUA e um dispositivo relacionado a uma arma escalar. Apesar de escapar dos soldados russos e completar o que eles pensavam ser sua missão final na empresa B, o dispositivo é descoberto como falso. Ficando impressionado com suas atividades anteriores, o General do Exército Braidwood os designa para a Divisão de Atividades Especiais e os encarrega de fornecer informações ao Agente Aguire, para a decepção do Sargento Redford. O esquadrão viaja para a Bolívia em busca de Aguire. Através de muitos tiroteios com paramilitares, eles conseguem salvar Aguire pouco antes de um russo o arrastar para um Mi-24 Hind à espera. Depois de descobrir que as descobertas de Aguire foram roubadas pelos russos, Aguire solicita ao esquadrão que obtenha toda a sua inteligência detalhando a arma escalar de um satélite. O esquadrão sobe para tomar a montanha com a ajuda de seu piloto Flynn e seu UH-60 Black Hawk. Depois de assumir a estação de satélite, Sweetwater codifica o satélite para cair, com o esquadrão atravessando o país para encontrá-lo, enfrentando Vodniks e Quad Bikes ao longo do caminho. Depois de chegar ao satélite, o esquadrão derrotou com sucesso um contra-ataque russo destinado a destruir o satélite, mas logo o mau tempo chegou. Enquanto Redford e Haggard vão encontrar transporte, com Sweetwater seguindo, Marlowe logo encontra a unidade de armazenamento de dados e desce a montanha durante uma nevasca, enfrentando patrulhas russas, e logo é extraído pelos outros no helicóptero de Flynn. Durante a extração, Aguire informa o esquadrão sobre o homem responsável pela construção de uma arma escalar chamada Arkady Kirilenko; o coronel do Exército russo que o esquadrão não conseguiu eliminar em Chukotka, que se acredita estar escondido no Chile. Marlowe e o esquadrão viajam para o Chile, onde, auxiliados por forças blindadas e fuzileiros navais dos EUA, encontram Kirilenko, embora ele logo escape depois que o Comando dos EUA começa a bombardear a posição de Kirilenko. Deixado apenas com documentos do escritório de Kirilenko, Sweetwater descobre que há um manifesto de remessa para um navio perdido chamado "Sangre del Toro". " Ajudado pelo resto do esquadrão a obter as coordenadas, Marlowe encontra a nave e recupera um composto sem nome essencial para o uso da arma, e descobre a verdade por trás da Operação Aurora. Ao tentar encontrar Aguire na Colômbia, o helicóptero do esquadrão é abatido por um dardo e eles se separam. Sweetwater e Marlowe se reagrupam primeiro, enfrentando um contra-ataque da milícia, e logo encontram o resto do esquadrão. Depois de lutar através de bases russas fortemente defendidas, o esquadrão encontra Flynn e depois corre para uma base de helicópteros em Quad Bikes. Depois de lutar pelos territórios russos em um Black Hawk recuperado, o esquadrão chega ao encontro com Aguire, e Marlowe dá a Aguire o complexo, enquanto Redford exige saber o que está acontecendo. No entanto, Aguire traiu o esquadrão ao se aliar a Kirilenko, seu rival na busca pela arma escalar. Aguire queria se vingar dos Estados Unidos pelo que aconteceu com seu pai, um dos comandos no ataque original ao Japão, depois que Marlowe revelou que os militares dos EUA os enviaram insensivelmente para a morte. Apesar da aliança, Kirilenko trai Aguire e o mata. Flynn intervém e salva o esquadrão ao custo de sua própria vida, seu helicóptero abatido por um RPG. Enquanto ainda estão de luto após a perda de Flynn, o esquadrão ouve o rádio de um soldado russo, que o esquadrão usa para encontrar sua posição. Eles começam a se mover em direção a uma cidade, mas então Kirlienko começa a detonar a arma escalar. O esquadrão começa a avançar por uma cidade venezuelana, sendo atacado por tropas russas e milícias, juntamente com morteiros. No entanto, ao chegarem à foz de um grande rio, eles testemunham um enorme tiroteio entre tropas americanas e russas. No entanto, à medida que a luta atinge um clímax, a arma escalar detona, aniquilando as forças dos EUA e enviando "toda a tecnologia morta. " O esquadrão então luta através da zona de explosão em busca de Kirilenko, mas, quando o esquadrão chega ao avião, um An-124 Ruslan (que Haggard identifica erroneamente como um An-225 Mriya), eles percebem que está decolando. O esquadrão votou por unanimidade que eles deveriam sequestrar o avião e partir por túneis de esgoto em direção a ele. Embora tivessem que descartar suas armas, subiram a bordo pelo trem de pouso e aguardaram o amanhecer. O esquadrão começa a avançar pelo avião, eliminando vários guardas antes de alcançar a arma escalar, que é protegida por um painel de vidro reforçado, que Haggard diz que "precisará de um ato de Deus para passar, ou muito C4. " O esquadrão então luta em direção ao cockpit do avião, mas percebe que Kirilenko está na própria câmara escalar quando descobrem que o cockpit está vazio. Depois de detonar C4 para atravessar o vidro, o esquadrão destrói a arma escalar e, em seguida, sai do avião. No entanto, quando Sweetwater tenta dar a Marlowe o último pára-quedas, Kirilenko o ataca, e Marlowe é forçado a mergulhar para fora do avião, matando Kirilenko em queda livre com um MP-443. Sweetwater passa por Marlowe um pára-quedas no ar, e os dois pousam em segurança no Texas ao lado do resto do esquadrão. No entanto, quando começam a comemorar, o general Braidwood lhes diz para segui-lo em um HMMVW, enquanto os russos estão invadindo o Alasca. A última cena mostra um mapa das forças russas que atravessam o Alasca e o Canadá, avançando rapidamente na fronteira com os EUA.