Situado milhares de anos no futuro, Intergalactic: The Heretic Prophet coloca os jogadores no papel de Jordan A. Mun, um perigoso caçador de recompensas que acaba preso em Sempiria – um planeta distante cuja comunicação com o universo exterior ficou sombria centenas de anos atrás. Jordan terá que usar todas as suas habilidades e inteligência se espera ser a primeira pessoa em mais de 600 anos a deixar sua órbita.