O objetivo do Super Monkey Ball 2 é guiar um macaco preso dentro de uma bola de plástico através de um labirinto até o gol. Existem três variações, modo história, modo desafio e modo prática. No modo história, você tem um número ilimitado de tentativas para completar um estágio e, após concluir 10 estágios, um clipe de filme é mostrado, seguido por um novo mundo de 10 estágios. No modo desafio, você tem um número limitado de macacos e um limite de tempo para completar vários níveis de dificuldade crescente. No modo de prática, você pode jogar qualquer etapa já concluída nos outros dois modos. Além das principais opções de jogo, vários jogos de festa também estão incluídos. Estes são corrida de macacos, luta de macacos, alvo de macacos, bilhar de macacos, boliche de macacos, golfe de macacos, barco de macacos, tiro de macacos, briga de macacos, futebol de macacos, beisebol de macacos e tênis de macacos. Os jogos de festa podem ser jogados por um a quatro jogadores.

A história mostra a equipe do Super Monkey Ball e todos os habitantes da Ilha da Selva aproveitando alegremente seu dia, quando, de repente, o dirigível do Dr. Bad-Boon voa sobre a terra e aspira todas as bananas. AiAi exige que ele devolva todas as bananas, mas só o fará se MeeMee se casar com ele. MeeMee se recusa, então Bad-Boon voa e a equipe do Super Monkey Ball entra em ação. O primeiro plano nefasto do Dr. Bad-Boon é explodir a Ilha da Selva fazendo um vulcão explodir com uma bomba-relógio. Ele o deixa flutuando dentro dele, e a equipe o encontra. GonGon diz que destruirá a bomba, apesar dos apelos de MeeMee contra ela. Ele o socou para fora do vulcão, e ele pousou no dirigível de Bad-Boon. Afunda no mar, o que leva Bad-Boon a nadar para longe com a equipe perseguindo-o.