Pokémon XD é uma sequência do jogo de RPG Pokémon Colosseum. Você jogará como Michael, um treinador Pokémon que está tentando frustrar a Cifra maligna. A Cipher planeja controlar o mundo usando o poderoso, mas imprevisível, Shadow Pokémon. Agora você deve lutar coletando seu próprio Pokémon das Sombras e derrotando os capangas de Cipher em batalha. O Pokémon XD também permite que você importe Pokémon de jogos de Pokémon do Game Boy Advance e participe de batalhas frente a frente com outros jogadores.