1998. HALF-LIFE causa um choque na indústria de jogos com sua combinação de ação intensa e narrativa contínua e imersiva. AGORA. Ao assumir o suspense, o desafio e a carga visceral do original, e adicionando um novo realismo e capacidade de resposta surpreendentes, Half-Life 2 abre a porta para um mundo onde a presença do jogador afeta tudo ao seu redor, desde o ambiente físico até os comportamentos até as emoções de ambos “Amigos e Inimigos ”

Gordon Freeman é tirado da estase pelo G-Man, que o insere em um trem que chega à Cidade 17. Depois de chegar à estação e fugir das forças da Combine, Gordon se junta a membros da resistência Lambda, incluindo Barney Calhoun, um ex-guarda de segurança da Black Mesa que agora trabalha disfarçado como oficial da Combine CP, e Alyx Vance, filha de um dos ex-colegas de Gordon, Dr. Eli Vance. Depois de uma tentativa fracassada de teletransportar Gordon para Black Mesa East do laboratório improvisado do Dr. Kleiner, Gordon, reequipado com o traje HEV e um pé de cabra, é forçado a embarcar a pé pelo antigo sistema de canais da cidade. Depois de obter um aerobarco, ele luta para chegar a Mesa Negra Leste, a vários quilômetros da cidade. Gordon é reintroduzido a Eli e conhece a Dra. Judith Mossman. Alyx apresenta Gordon ao seu grande robô de estimação D0g e lhe dá uma "Gravity Gun", uma arma que permite que Gordon pegue e mova qualquer objeto grande com facilidade. Black Mesa East logo fica sob ataque Combine e Eli e Mossman são capturados para serem levados para uma prisão Combine, Nova Prospekt. Gordon e Alyx são forçados a tomar caminhos separados para Nova Prospekt; Gordon faz um desvio pela cidade de Ravenholm, recebendo ajuda de seu último sobrevivente, o padre Grigori. Depois de atravessar a cidade e uma mina, Gordon segue para um posto avançado da Resistência. Gordon recebe um Dune Buggy, que ele usa para viajar ao longo de uma estrada costeira em ruínas para Nova Prospekt. Ao longo do caminho, Gordon encontra patrulhas Combine frequentes e ajuda um dos líderes da resistência, o coronel Odessa Cubbage, a defender uma base da Resistência de uma nave Combine. Depois de atravessar uma praia infestada de leões, Gordon entra em Nova Prospekt, onde se reencontra com Alyx. Eles conseguem localizar Eli, mas também descobrem que Mossman é um informante da Combine. Antes que eles possam detê-la, ela se teletransporta e Eli de volta para a Cidadela da Cidade 17. O teletransportador Combine explode quando Gordon e Alyx o usam para escapar de Nova Prospekt. Ao chegar ao laboratório de Kleiner, um Dr. Kleiner abalado revela a Gordon e Alyx que eles foram pegos em um "teletransporte lento", durante o qual uma semana se passou. Na sua ausência, a Resistência, que soube do que tinha acontecido em Nova Prospekt, mobilizou-se contra o Combine, transformando a Cidade 17 num campo de batalha. Durante a luta, Alyx é capturado pelo Combine e levado para a Cidadela, e Gordon luta pela cidade com a ajuda de D0g e Barney para alcançá-la. Dentro da Cidadela, ele é pego em uma câmara de confisco Combine que destrói todas as suas armas, exceto a Gravity Gun, a energia aumentando suas capacidades e permitindo que Gordon escape e despache pelotões de soldados Combine. Eventualmente, Gordon é capturado andando em uma cápsula de transporte Combine e é levado para o escritório do Dr. Breen, onde ele e o Dr. Mossman estão esperando com Eli e Alyx em cativeiro. O Dr. Breen começa a explicar seus planos para uma maior conquista dos humanos pela Combine, ao contrário do que ele havia dito ao Dr. Mossman. Irritado, Mossman liberta Gordon, Alyx e Eli antes que Breen os teletransporte para fora do mundo. Dr. Breen tenta escapar através de um portal, mas Gordon o persegue e destrói o reator do portal com a arma gravitacional super carregada. Breen parece ter sido aniquilado na explosão resultante. Pouco antes de Gordon e Alyx terem um destino semelhante, o tempo está congelado. O G-Man reaparece, elogiando Gordon por suas ações na Cidade 17 e na Cidadela. Fazendo uma vaga menção a "ofertas pelos serviços [de Gordon]", o G-Man o coloca de volta em estase.