Em 2642 d.C., a Terra permanece marcada por conflitos alienígenas anteriores, à medida que os problemas ambientais crescem além do controle da humanidade. 80% da população do planeta foi completamente devastada por uma rede de armas hipermagnéticas com defeito durante o desenvolvimento. Bill Rizer, o herói das Guerras Alienígenas, foi responsabilizado pelo incidente, bem como pelo assassinato de seu parceiro, Lance Bean, que supostamente tentou detê-lo. Ele recebeu uma sentença de 10.000 anos de prisão criogênica. No entanto, cinco anos depois, em 2647, a Terra enfrenta outra ameaça à medida que a organização terrorista "Falcão de Sangue", liderada por um comandante misterioso e sobre-humano, espalha o pânico pelo mundo. O governo governante, referido como o "Triunvirato", decide libertar Bill Rizer antes de completar sua sentença, tendo em vista seus sucessos anteriores na defesa da Terra, na esperança de neutralizar o Falcão de Sangue. Lucia, uma avançada soldado ciborgue construída pelo governo a partir do Dr. A pesquisa de Geo Mandrake é enviada para acompanhar e auxiliar os esforços de Bill. Bill acaba descobrindo que Lance ainda está vivo e é, na verdade, o próprio comandante do Falcão de Sangue. Depois de derrotar Lance, é revelado que os alienígenas dos jogos anteriores atacaram porque o Triunvirato roubou secretamente uma misteriosa e poderosa "Relíquia" deles. Com essa informação, Bill e Lucia precisam confrontar o Triunvirato e descobrir o segredo da relíquia alienígena.