AnotherSky permite que os jogadores vejam a narrativa de uma das três principais escolas rivais introduzidas no terceiro título.

Um dia, a protagonista e seu amigo de infância, Kyouya, recebem uma carta misteriosa com documentos de admissão para Amane Gakuen. A protagonista se lembra levemente do menino que lhe deu a corda de ouro do violino sete anos antes ao ver o convite e tem um palpite de que ela pode encontrar o menino na escola. Depois de se transferirem para Amane Gakuen com Kyouya a reboque, os dois são logo desafiados por Myouga a se aperfeiçoarem como adições dignas à escola.