Originalmente lançado apenas no Japão em 26 de dezembro de 2002, Kingdom Hearts Final Mix tem vários eventos e uma série de ajustes de jogabilidade que não estão em versões anteriores. O diálogo falado é em inglês, com legendas em japonês. Novas cenas, esclarecendo certos pontos da trama, como a jornada de Riku e o prenúncio de Kingdom Hearts II, foram incluídas, mas nenhum novo diálogo foi gravado. Uma opção de jogabilidade permite que o jogador pule as cutscenes depois de vê-las uma vez. Os chefes opcionais incluídos pela primeira vez na versão em inglês foram apresentados aos jogadores japoneses pela primeira vez, juntamente com uma nova luta contra "Unknown Man", na tentativa de aumentar o interesse pela sequência.

Várias novas cutscenes foram adicionadas. O primeiro, mostrado depois que Sora luta contra Leon em Traverse Town, tem Riku perdido em Hollow Bastion, chamando por seus amigos e Malévola olhando. Outro, jogado depois que Sora fala com Kairi na hidrovia subterrânea em Traverse Town, mostrou Riku perdido no Reino das Trevas depois que Ansem, Buscador das Trevas, tomou seu corpo. Lá, ele é assistido pelo Rei Mickey, que revela que ele tem a Keyblade do reino. Nenhuma dessas cenas usava áudio novo e, em vez disso, as legendas eram vistas em uma tela preta. Uma cena opcional era um confronto entre Cloud e Sephiroth, visto depois que o jogador derrota Sephiroth. Cutscenes foram fornecidas para o Desconhecido, usando dublagem emendada para Sora e Pateta, mas texto trêmulo em uma tela preta para o Desconhecido. Uma pequena cena também foi adicionada perto do início do jogo no segundo dia nas Ilhas Destino, onde é revelado que o amuleto da sorte que Kairi faz das Conchas de Thalassa é o amuleto do Guardião do Juramento que ela mais tarde dá a Sora.