A segunda parte portátil da série Mega Man mostra ele (junto com seu cachorro, Rush) derrotando mais oito Robot Masters revividos (de Mega Man 2 e Mega Man 3), enquanto encontra o paradeiro do Dr. Wily (que viajou para o futuro para roubar uma arma para combater Mega Man).

Mesmo depois de sua derrota esmagadora nas mãos de Mega Man durante os eventos de Mega Man: A Vingança do Dr. Wily, o Dr. Wily já estava planejando seu próximo esquema. Se ele pudesse colocar as mãos na máquina do tempo (chamada de Skimmer do Tempo no manual americano) que estava sendo desenvolvida no Laboratório de Pesquisa Tempo-Espaço (chamado de Instituto Chronos no manual americano), ele achava que poderia ser capaz de mudar o passado. Depois de roubar a máquina do tempo, Wily queria partir imediatamente em uma viagem no tempo, mas teve que colocar um freio de emergência em seus planos quando descobriu que a máquina do tempo tinha uma falha séria. Enquanto isso, o Dr. Light foi despachado para o laboratório de tempo-espaço para investigar. Com a ajuda do olfato de Rush, ele foi capaz de deduzir que não era outro senão o Dr. Wily por trás do roubo. Tendo um mau pressentimento sobre o incidente, o Dr. Light rapidamente chamou Mega Man e Rush para procurar o paradeiro do Dr. Wily.