Sotsugyō M é um "jogo otome"; um jogo de aventura romântica destinado a um público feminino. É baseado no mangá de mesmo título de Kei Arisugawa e Kyoko Nishiomi, que é em si um spinoff da série Graduation ambientada em uma escola particular para meninos. O jogador é escalado como a irmã mais nova do secretário do conselho estudantil Ryūnosuke Sugita; seu irmão desapareceu misteriosamente e, depois de receber um estranho telefonema, ela vai para a Seiryū High School para investigar e conhece um grupo improvável de meninos que a ajudam.

Para encontrar seu irmão desaparecido, a protagonista segue uma pista deixada por ele e se junta a um grupo de meninos de uma escola secundária local.