Super Alien é um jogo de ação em tela única. O jogador se move pelo labirinto e pode colocar armadilhas no chão. Quando um monstro entra nele, ele fica preso e o jogador pode matá-lo preenchendo o buraco. Cada monstro derrotado recompensa pontos enquanto tocá-los resulta em uma perda de vida. O labirinto é mostrado da perspectiva usual de cima para baixo, mas os personagens têm uma visão lateral.