Uma sequência de Thunder Ceptor. O jogo é muito parecido com o original; o jogador controla o Ceptor do Trovão (agora de cor azul claro) e deve atirar nas naves que chegam (agora de cor cinza a verde) normalmente. Agora existem vários obstáculos, incluindo hastes grandes e painéis voadores (como o Bacura de Xevious), e os obstáculos agora podem ser destruídos com as bombas, agora não precisam mais evitá-los. Como o nome sugere, o jogo é jogável em 3D e é o único jogo de arcade da Namco a fazê-lo. O jogador colocaria a cabeça nos óculos anexados à máquina para o efeito 3D.